昨天不少媒体把台湾新成军的“新北舰”与“巡护八号”，说成台海军军舰，这其实是一种误解。
在台湾，“海巡署”执法人员本质上属于海警，是巡防救难的司法警察，负责港口、沿岸地区、离岛、领海、专属经济区的治安工作，并执行查缉走私货物和毒品、犯罪逃亡等事务，但发生战争时亦可成为台湾海军的后备部队。从编制上来看，“海巡署”直属于“行政院”。
目前“海巡署”已服役和在建的海巡舰中，“高雄舰”是最大的一艘，船长117.61米、宽15.2米，排水量为3000吨，预计在今年11月下水；排水量达 2000吨级的则有台南舰、新北舰、和星舰等；昨天成军的“巡护八号”则是1000吨级的；800吨级的舰艇有谋星舰；台北舰、澎湖舰、南投舰、连江舰则属于500吨级。另外还有很多小型舰艇。
与台湾海军军舰相比，海巡舰体积偏小。如海军左营舰的排水量达8000吨，较小的汾阳舰，其排水量也有3011吨。
从名称上看，“海巡署”的舰只体现更多的台湾特色，如高雄舰、台北舰、新北舰、南投舰等；而台海军主力舰的名称多彰显“大中国”色彩，如康定舰、昆明舰、继光舰、岳飞舰、子仪舰、凤阳舰、汾阳舰等。
“海巡署”执法海域达54万余平方公里，包括东沙岛、太平岛等，自成立开始，“海巡署”一直面临人力、装备不足等问题。
在陈水扁时期，许惠佑担任“海巡署长”时，“海巡署”曾计划纳编海军6艘主力舰艇组成 “主权维护项目任务特遣支队”，但“立委”质疑这项计划是“海巡署”在扩权、搞“第二海军”，最后只好不了了之。
马英九上台后，东海问题争端加剧，特别是2008年6月，日本海上保安厅巡逻舰粗暴撞沉台湾渔船，引发岛内同仇敌忾，马英九决定强化 “海巡署”的护渔功能。台南舰已于2010年12月服役，加上新北舰、高雄舰等再陆续成军，“海巡署”的保钓、护渔能力会有一个比较大的提升。
