据台湾“中广新闻网”报道，台湾地区与日本渔业协议签订，渔民大大松口气，不过，钓鱼岛12海里海域因双方还没有达成共识，因此渔民如果在那里捕渔，难免会被日方船舰干扰，有赖台湾“海巡署”护渔。台湾“农委会主委”陈保基强调，未来台湾会派出适当层级的人员针对双方渔业相关细节尽速开会研商，希望最快4 月份就能召开会议。
“台日”渔业协议签订，争议水域的问题获得解决。台湾“农委会主委”陈保基在“立法院”备询时表示， 这份协议对台湾意义重大，过去不断在争议海域被日方船舰强力趋赶的情况将可避免。
但是钓鱼岛12海里海域因为“台日”未达成共识，渔民在这个海域内作业，还是会碰上日方船舰驱赶。针对这部分，台湾方面的态度是，渔民一定可以进入作业，“海巡署”在这个海域会全力护渔。