哈尔滨工程大学于2006年6月16日召开的科技工作会议上，对学校创新团队和个人给予了总额200余万元的奖励。创新团队和创新个人最高奖励达10万元。受到奖励的有杨士莪、徐玉如院士等，也有在国内外处于领先水平的水下智能机器人技术等创新团队。
　　哈工程在“十五”期间，科研项目总量达到1884项，科研经费到款超过9.6亿元，年均增长24%，在全国名列前茅。五年间，教师从事科学研究的积极性明显提高，2005年科研经费到款突破3亿元，科技总量快速增长。今天的哈尔滨工程大学已经发展成为我国船舶科学技术和应用基础研究的主力军之一，我国海军先进技术装备研制的单位之一，我国发展海洋高技术的一支重要力量，我国核安全建设的重要研究基地。
　　哈尔滨工程大学在科研上硕果累累，正是因为学校多年来牢固树立“科技要先行，创新是灵魂”的科技理念，始终坚持“三海一核”的特色办学理念，和“依托船舶，立足国防，面向国民经济建设主战场”的战略方针。
　　近年来，学校在贯彻学习国家提出的“自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来”的发展方针和国防科技工业确立的“强化基础、提高能力、军民结合、跨越发展”的指导思想，确立“强化基础、开拓创新、强军扩民、跨越发展”的指导思想。学校建立并不断完善学校科技创新体系，为实现学校科技持续发展提供组织和制度保障；实施了创新团队培育计划、重大项目培育计划、基础研究和科技探索计划、重点实验室专项创新计划、科技创新奖励计划、学术交流活跃计划、知识产权推进计划、学生科技创新计划等多个专项科技创新计划，支撑科技工作可持续发展。（金声）