台湾本岛海岸线较平直，虽共有各类港口200多个，但天然良港不多。目前，台湾海军共拥有5个港口，分别为左营、马公、高雄、基隆和苏澳。其中前两者为海军专用港口，而后三者为军、商两用港口，多数是人工挖成，这些港口是作战中的主要后方港口，可作为海军舰艇机动、疏散、修理和整补基地，进驻作战舰艇，以提高海军机动作战能力和灵活性，平时可作为后勤补给基地，担负对外岛的运补任务。左营和高雄分布在台湾西南海岸，马公在澎湖岛西南部，基隆和苏澳分布在台湾东北部。台湾海军根据兵力部署原则和作战指导思想，按其划分的海上作战警戒巡逻区域，将主要作战部队集中部署上述5个港口，同时花莲等商港也有海军舰艇驻泊。