据台湾《中国时报》报道，针对陈水扁提出抗告，致法院暂停机要费案审理，马英九幕僚认为，陈水扁大秀机要费明细给多名“立委”及名嘴看过，事后才列机密档案，恐不符机密条件，“总统府”不排除以撤回抗告方式，双管齐下协助司法厘清真相。

　　特侦组日前指派专人送达公函到“总统府”，建议尽速审酌是否对机要费案相关资料解密，以利侦审。“府方”表示，马英九已倾向不解密。

　　“府方”人士表示，此案可能涉及“机密安全与宪政争议”，马英九相当慎重，最后倾向接受专业幕僚建议，在避免引发“宪政争议”前提下，直接授权司法机关审阅档案。据透露，马英九委请法律专家研究后，倾向以“机密保护法”切割解决机要费档案争议，取代机密档案解密。

　　据悉，“机密保护法”规定，“其它机关需使用‘国家机密’者，应经原核定机关同意”、“法院、检察机关受理之案件涉及‘国家机密’时，其程序不公开之。”

　　“府方”研议后认为，陈水扁在任内核定机要费为机密档案，马英九现在是领导人，有权同意司法机关使用“国家机密”；而司法审阅调查机要费案时，程序不公开，因此不会有泄密之虞。同时，马英九签办同意司法审阅，就毋需采取解密的大动作。

　　幕僚透露，马英九一向强调依法行政，他是以“宪政层次”思考机密档案问题。但马英九认为不宜径行解密。

　　“府方”人士强调，马英九已倾向不径行解密，避免引发不必要的政治效应，但也不排除双管齐下，以撤回陈水扁抗告方式，让司法机关在最短的时间内，尽速恢复审理机要费案。

　　针对陈水扁办公室传出，若马英九解密档案恐涉及任意泄漏机密，不排除对马提出内乱外患罪告诉，“总统府”方面强调，扁的动作意在恫吓，警示意味浓厚，但现在已经不是竞选期间，一切都应尊重司法，不必要做政治回应。